时光流逝
在吴笛回到阿罗拉地区后，时间也悄悄地过去了一年。
在这一年里，发现了很多的事情：
一、在以太基金会研究部令队扎奥博的阴谋下，开启了究极之洞，导致从究极之洞出来的究极异兽（虚吾伊德）抓走了莉莉艾的母亲露莎米奈（以太基金会理事长）；不过还好，在经过小智他们的努力下，成功地从虚吾伊德手中解救出露莎米奈。
二、在究极异兽爆肌蚊的出场，让小智他们组成了究极防卫队（负责暂时捕获究极异兽，之后将它放回原来的世界）。
三、马玛内在美乐美乐岛的竹林山丘发现了究极异兽铁火辉夜，在小智他们的帮助下，在铁火辉夜离开的时候没有破坏到周围的环境，不然会照成四周的一切都燃烧殆尽。
四、在美乐美乐岛的烟花大会上，小智他们遇到了究极异兽砰头小丑，之后又遇到了究极异兽电束木；在经过小智他们的努力下，用宝可梦的力量制造了一个超级宝可梦大烟花，然后就收服了那两只究极异兽。
五、有一天，小智他们发现学校运动场上出现了究极异兽垒磊石。经过小智他们的努力还是没有办法收服到垒磊石，不过在机缘巧合下，垒磊石被小智说动了，小智就这样收服了垒磊石。
在这一年里，吴笛就像一条咸鱼一样，没事就和伊布他们一起玩，顺带一提，吴笛从城都地区带回来的宝可梦蛋已经孵化了，这是吴笛回到阿罗拉地区后一个星期的事。
吴笛的宝可梦已经六只了，它们在一起也生活得很愉快。
突然有一天
吴笛照常早起，不过在客厅里看到库库伊博士和芭内特博士都懒洋洋的，都不在状态。
吴笛也无奈，都不知道发生什么事情呢，索性就直接去学校了。
在教室里，同学们都到了。
经过一番讨论，大家都知道小镇的情况都大致一致。
……
“……我本来想讲后天，也就是全日食那天会举办的，关于“玛纳罗祭典”的一些课程相关，但是呢，算了，你们干脆就自己讨论吧，好了，那就交给你们啦。”库库伊博士在课堂上无气无力的说。
“没办法了，就让我来给你们讲讲“玛纳罗祭典”吧”。卡奇自告奋勇地站在讲台上说。
“好，那拜托你了。”小智说道。
卡奇继续说：“在阿罗拉地区，每过21年就会出现一次全日食，在那一天，阿罗拉四座岛屿的岛屿之王和岛屿女王们，会聚集在各自的遗迹中，向阿罗拉创造神话里提到的传说中的宝可梦，进行感恩祈祷仪式。”
“这个就是，在阿罗拉地区代代相传至今的，玛纳罗祭典哦。”玛奥补充道。
“玛纳罗到底什么意思啊？”小智疑惑道。
“玛纳罗出自古语，它表达的意思呢，是“你和我在这里共同生活”。”卡奇回答道。
“感觉还不错呢。”小智有些感兴趣了。
“是啊，我也这么觉得。”水莲也来兴趣了。
“阿罗拉和玛纳罗？阿罗拉和玛纳罗听起来挺像的。”莉莉艾迟疑了一会来兴趣道。
“阿罗拉本身的意思呢，是“大家一起分享”。”卡奇回道。
“两个加在一起就是：我们要一起分享，并共同生活”水莲说道。
…………
第二天
小智他们受露莎米奈理事长委托，来到了日轮祭坛。
在那里小智他们见到了露奈雅拉，但是，还有一只陌生的宝可梦跟着露奈雅拉出现。
那只陌生的宝可梦一直跟着露奈雅拉，在美乐美乐岛的大海上空和露奈雅拉开战了，小智他们紧跟着，跟上之后也加入了战斗。
最后，露奈雅拉被陌生的宝可梦吞噬了（这种情况游戏里也有，露奈雅拉和奈克洛兹玛的合体：拂晓之翼-奈克洛兹玛）。
突然出现了火箭队，他们用电磁网抓住了现在的拂晓之翼，准备把它拉回飞船，小智准备去救拂晓之翼时。
拂晓之翼挣脱了电磁网，而破碎的电磁网有一部分飞向小智了。
这时出现了一个究极之洞，从里面出来的索尔迦雷欧（小星云）（在救出露莎米奈后消失了）帮小智挡住了飞来的电磁网。
索尔迦雷欧和小智温存了一会就和拂晓之翼战斗了，经过一番激烈的战斗后，拂晓之翼解体了。
露奈雅拉因没有体力而从空中掉到沙滩上，而那陌生的宝可梦就掉到海里面了。
索尔迦雷欧去到露奈雅拉身边，不一会儿，索尔迦雷欧遭到火箭队的飞船攻击，然后又遭到加强了输出的电磁网。
不过被小智和莉莉艾的哥哥格拉吉欧给救了，救出来后，索尔迦雷欧立刻就反击了，一击就打退了火箭队。
就在这时，陌生的宝可梦突然从海里冲了出来，直接抱住了索尔迦雷欧，然后就吞噬了索尔迦雷欧成为了黄昏之鬓-奈克洛兹玛（和拂晓之翼一样），之后就回究极之洞里了。
黄昏之鬓-奈克洛兹玛回去后，小镇上的人都回归正常了。
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在露奈雅拉恢复了之后，小智他们就跟着露奈雅拉去到了究极之洞的另一边。
在那边，小智他们看见了很多毒贝比，在毒贝比的家园里，小智他们知道了那个陌生的宝可梦就是失去光芒的光辉大神奈克洛兹玛。
突然大地震动，小智他们出去查看发现，黄昏之鬓正和露奈雅拉在战斗。
在小智他们的一番讨论之后，他们决定用Z招式试试看，看能不能解救得了索尔迦雷欧，结果是不行。
小智他们突然接到了来自露莎米奈的通讯，小智就把他们这边的情况跟露莎米奈说了，然后就得到了露莎米奈那边关于怎么传送力量的方法。
在得到人类和宝可梦们的力量后，黄昏之鬓-奈克洛兹玛就解体了；之后，格拉吉欧得到了露奈雅拉的专属Z结晶，然后和小智（索尔迦雷欧的专属Z结晶早就有了）一起用Z招式，最后成功地让奈克洛兹玛恢复成光辉大神了。
然而，我们的主角吴笛，一直都在宝可梦学校和伊布它们玩耍。不是他不去战斗，而是他一出场战斗就可以结束了。