奇迹山丘，这座罪恶之城，已在岁月的磨砺中变得愈加荒凉与沉沦。数个世纪前，该隐的后裔在此建立了这片荒野上的聚落，他们的血脉继承了祖先的恶习，处心积虑地满足欲望，任意践踏一切道德与伦理的界限。虚荣、攀比与妒忌如同空气般弥漫在每个角落，推动着绝大多数市民的行为。人与人之间充满着无休无止的竞争，彼此间制造着难以言喻的心灵痛楚，而这些痛楚最终转化为财富，集中在那少数胜利者的手中。那些在竞争中失败的人，往往被无情地逐出城市，成为无家可归的流浪者。
随着时间流逝，这座城市的财富愈加雄厚，权力愈加集中，最终演变成如今这座繁华而强大的都市。它的每一块砖石，每一条街道，都充斥着欲望与血腥，而这座城市的外表和内里，如同漆黑的深渊，隐藏着人类心中最阴暗的部分。
最初，最高权力掌握在由各大家族代表组成的行政理事会手中，他们主导了城市的经济规则，而这座理事会的总部就坐落在城市的心脏地带——阿德梅区。当少年恩基第一次踏足奇迹山丘时，他在内圈的富人区，曾见过一座不起眼的建筑。这座建筑与周围那些华丽的豪宅形成鲜明对比，显得格外残破与陈旧。墙壁上爬满了绿意盎然的爬山虎，几乎完全遮掩了建筑原本的色彩。虽然经过了一些修缮，但依然显得历经岁月沧桑，带着一种久远时代的遗风。
这座建筑没有高耸入云的塔楼，也没有宏伟的圆顶，反倒是一片破败的景象。窗户上积满了厚重的尘土，透过窗玻璃望去，室内的空旷显得越发萧瑟。门前的台阶已被岁月的侵蚀磨得斑驳，古老且满布风霜。
“这就是行政理事会的所在地？”恩基自语道，“它怎会是这座城市最高行政机构的大楼呢？”他心中清楚，这个理事会早已名存实亡。随着城市中的大集团吞并重组，数个财阀逐渐崛起，其中也包括由该隐的嫡系后代建立的加音集团。财阀们互相争斗、相互对立，为了资源争夺不择手段，最终将整个城市拖入战争的深渊。南方的苏美尔最终取得了形式上的胜利，但整个世界却化作了焦土与废墟，地表不再适宜生存，连同所有生命一起，在这场浩劫中灭绝。
“我必须阻止这场战争。”恩基心中暗自发誓，一个简单的念头闪过脑海——直接摧毁这座城市，避免它波及南方。然而，随即他又否定了这个想法：“不行，不到最后的不得已，我不能主动摧毁一座城市。也许，我不能因‘罪恶之城’中的丑恶去惩罚这些生命。毕竟，人性是自然的一部分，导致末日的，不是人性本身，而是其背后的自然之力。难道大自然的力量只会引向毁灭和死亡吗？”
他深深吸了一口气，他注意到光产生的地方，肌肉在崩裂，血液在溢出，只不过那些伤口出现得细微而又快速，所以不仔细看很难察觉到。
他意识到，当他用光做功——用光的力量飞起来、用光的力量创造奇迹、用光之能去修复世间万物破损之处——每当我使用光的时候，他的身体就会被光的力量撕裂和毁坏。
“莫非，所有苦难的根源来自……。”他心想，“这些伤口也同时在愈合，是的，在我几乎接近死亡的同时，光所带来的聚合之力，又将这些分裂的伤口快速地愈合、治疗；这个过程发生在每一个瞬间，会产生极度的痛苦；只不过，因为日复一日，年复一年，我已能够忍耐这样的痛苦。所以，如果我不说，也不会有人知道我时时刻刻都在体验到的无限煎熬与疼痛……人们以为我拥有无限的力量，那是因为我付出了无限的代价。”
恩基突然意识到了什么，愣在原地，久久不能平静，在他的印象里，“光”是一切美好的代名词。
而现在却不同了，“我所见的一切，都是光的结果。因为有了光，所以才有了时间，光就是时间，因为有了时间，才有了变化，变化是苦难的源头……因此，这座奇迹山丘的运行规则，是光的性质所产生的最自然的结果。因为有了毁灭与死亡，人们才会有不断膨胀的欲望，因为有了更多的欲望，人们才会争斗与厮杀……才会作恶。因此，我并不会为自然的事而惩罚任何人，然而正是我的仁慈，在这几万年来，我没有对奇迹山丘进行过多的干预，直到我看到了那一天——末日，因为这座城市而起，整个世界都会为它陪葬……而我必须阻止这场战争的爆发。”
少年恩基行走在奇迹山丘之中，他心中有了一个计划：在这座城市之内培养一个新的势力，使之拥有远超其他人的力量，进而控制住所有其他的财阀，结束争端，创造和平的条件。他隐秘地观察着每一个人的未来，寻找着城中的义人。恩基心想：“可究竟什么样的人才能算得上是‘义人’呢，啊，就是那些不会贪恋力量的人。”
不久，一个普通的技术员脱颖而出——祖苏德拉，他是一个十分特别的人，城中唯一的义人。拥有一颗善良的心，他悄然为弱小的生命谋福祉，甚至用自己微薄的收入资助孤儿和弱者。他是个十分特别的人，会偷偷帮助城里有基因缺陷的人躲过筛查。经过恩基进一步的观察，他比自己先前所给予权柄的每一代南方的王都拥有更加高尚的品质。
于是，恩基决定约他见面，他们在河边碰头，恩基给他看了他所看到的关于那场大战之后的末日景象，还告诉祖苏德拉，如果不做出什么改变，那么这件事将不可避免地发生。恩基打算给予他巨大的权柄和力量，无论他用这些力量去做什么都可以，只要他能够帮助自己，他们可以一同逆转末日的到来。
祖苏德拉说：“我一点也不意外，这末日必将到来，因为人的本性如此，世界的本性如此……”
恩基没有想到祖苏德拉会这样的悲观，起初祖苏德拉拒绝接受恩基赐予他权柄的计划，恩基就一再地劝说，希望他成为自己的使者，和自己一起拯救这个世界。
但祖苏德拉却又说：“你不是能看到未来吗，那么就请先去看看，把权柄交给我之后的结果会是怎么样的，如果有好的结局，那么我就接受这份差事。”
恩基知道，祖苏德拉确实是会这样拒绝自己的人，换作是别人，肯定会立即向自己索要力量。于是恩基就查看了未来，看到了那些结果，如祖苏德拉所预言的一样，即使他们并肩抵抗命运的魔爪，无论他们怎样努力，想出多少奇妙的方法，终究是徒劳的，因为导致末日和毁灭的最初起因，总会在最不起眼的地方出现，最终引发南方与北方的战争，世界变成焦土。因此，仅靠他们两个人的力量，难以在第一时间发现和弥补，进而无法阻止末日的到来。
于是，恩基陷入巨大的消沉之中，他放弃了，也妥协了，不再寄希望于这些与自己志同道合之人的帮助。直到有一天，祖苏德拉主动联系到他，说自己想到了一个方法，也许能弥补和挽救些什么。
他们又在河边碰头，“我想到了一个方法。”祖苏德拉说，“我们可以保存每一个人的记忆，每一个生命的记忆，建立一个庞大的数据库，即使这世界灭亡了，只要记忆不灭就不算是真正的末日。”
恩基苦笑地摇摇头：“你说的这个东西，早就存在了，我就是借助它回溯历史，展望未来。这种‘数据库’其实早就有了。自我突然降落在波斯湾入海口的那片沙滩以来，所有生命的记忆，不知道什么原因，从一开始就被保存在某处了。”
“在哪？”
“某个只有我能查看的地方。”
“它是什么，为何存在？”
“本来就存在在那儿……它并不是由谁创造的，从一开始它就在那儿了。你甚至可以说——它就是这个世界本身也没有什么错。”恩基回答。
所以，这次会面不欢而散，恩基并未理睬祖苏德拉的提议，而是继续尝试和选择其他的方法和途径去谋求解决之道，直到他穷尽了所有办法，他意识到只剩那唯一的一条路——毁灭这座城市，毁灭这个世界……然后让它重生。
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恩基的视野穿梭在鳞栉兀立的高楼巨厦之间，那些飞行的载具呼啸掠过。城市的灯光熠熠生辉，如同璀璨明珠，绚丽非凡。巍峨的摩天大楼仿佛在向天空挑战，华丽的道路与钢铁的丛林交织，共同组成了一幅壮美的画卷。
男孩的眼睛泛起泪光，他看着这座城市，心头涌起无尽的悲怆。他找到了祖苏德拉，把自己的计划告诉了他：“你要知道，毁灭一座城市，或者毁灭一个世界并不是解决问题的方法，这只是代表我放弃了……这就好比整理一个房间，因为过于凌乱而把所有东西扔掉一样，只是一种逃避和末路的选择……”
当恩基决定要毁灭这个世界的时候，他重新回想祖苏德拉的提议，但是，他打算用另外的方法处理生命记忆库里的记忆，不是叫祖苏德拉或者某人阅读，因为虽然这些记忆就在那里，但它们是“停滞”的——阅读其中记忆的人可以真正继承那些记忆。但它们只是历史的重现……与幻影无二，因为，那些人的记忆无法被利用在现实之中。
“除非？”
“除非把它们投放到别的世界去。”恩基回答说，“我们要建造一艘飞船。”
恩基和祖苏德拉向安纳托利亚山上的湖边望去，那里正在鸠工庀材，往来的施工人员快速地流动，不一会儿，那艘方舟已经接近完工了。
当恩基把计划告诉祖苏德拉，他几乎立刻同意接受这个工作。于是，工程师便开始帮助建造方舟，而恩基则把那信中所写的咒语和仪式传授于他——那并不是赐给他保存他人记忆的权柄，他只是把链接到记忆库的方法，以及从中复制出记忆的权限开给了他。
在这艘飞船完工以后，恩基照着自己记忆开始时的样子——也就是整个世界只有阿普苏那一座村落的时候——复制出了一个崭新的世界，那里的一草一木，天地气象，都与最初的时光如出一辙。
他和祖苏德拉驾驶飞船，把他们搜集来的生命记忆播撒到那个世界的海洋里，然后对待每一个世界，都像恩基对待苏美尔那样悉心照料和看管着，为它们提供新的光与热，把那些记忆承载的苦难和过往转化为在新世界里生存的经验。物种不断地演化，文明蓬勃的发展……然而，无数个纪元过去，毁灭最终还是到来了。
于是，他们又尝试了一次，重新开启了一个新世界，然后又是毁灭，接着再是另一个新的世界……
当他们意识到，一次又一次，他们只是在重复最早在奇迹山丘时受到的挫折，他们的心都凉透了。恩基和祖苏德拉回到奇迹山丘所在的本初世界，回到了在飞船只建造了一半时候的某个下午，他们就靠在那块岩石上促膝长谈。
“不然，我们还是选择那条路吧……”
“只要你决定好了，恩基，我会去做的。”
“那就让我们毁灭一切，然后带着新的希望，开启另一个世界。”恩基说。
那天晚上，祖苏德拉回到了他的实验室，装作不经意间把方舟和记忆保存技术的事透露给了他的老板加音，接着他制造了自己改动过后的记忆备份——闪姆的水晶球，然后委托朋友伊西斯莫斯在末日到来前启动她。当所有事情安排妥当，祖苏德拉自戕殉身，他伪装成自然死亡，让自己的心脏停止了跳动。
恩基和祖苏德拉的想法是，用更多无数的世界去做实验，直到创造出更为高尚和智慧的种族，再把他们复制到新的世界去，也许这样就能避免末日的灾难。但那也意味着，恩基和祖苏德拉将在那些试验场里目睹更多的死亡和毁灭——这是他们自己做不来的事。
但他们知道，如果技术落在城里的科技巨头加音的手上，他会自然而然地被无限的欲望驱使，创造出更多的世界，让更多的生命在那些世界里演化。而他只需做一个最简单的动作：复制和粘贴，然后把那些基因拷贝到他自己的身上，那样他的力量和财富就会达到无限的水平。
那些基因保存在水晶球里并不会产生热量，因为那只是一个坐标，一个链接和地址，但倘若把它对应的数据复制到世界中并使用，那样的话，世界就会因为承载不了这样巨大的能量，而毁灭。
“是的，当我选择了一条终究导致这场洪水的道路，与我亲自降下这场洪水又有什么区别呢？”恩基用衣袖擦去泪水，飞到上空，目睹这滔天巨浪吞没世界的场景。
他看到波涛汹涌的洪水逐渐侵袭着平原，那些曾经繁华的城市如同脆弱的沙堡，在汹涌的巨浪面前无可奈何地崩溃。一座座精巧的建筑被摧毁，文明的痕迹被狂风暴雨抹去，曾经辉煌的文明在顷刻间湮灭于水波之中。
大水不仅淹没了奇迹山丘，也向南淹没了整个苏美尔文明。
如预想的一样，闪姆在恩基设计好的时机完成了她的使命，赶在世界毁灭之前，带着所有的记忆水晶，逃离了这个星球，在恩基提前为她准备好的一个新世界里降落。
当然，那并不是真正新的世界，在天空中，倏尔间，那刚刚飞往深空的飞船重新出现，从天空上落下，坠在海面上，这其实就是原来的世界，只不过洪水退去，恩基又为它重新栽好植被，恢复土壤，复垦还耕；大水退去，陆地的轮廓和原来一模一样。在这个世界，生命虽然灭亡了，但是山峦依旧，古老的记忆也被遗迹与镌刻着过往的石头留了下来，恩基不愿完全地放弃那段历史，从埃利都的初代王阿鲁利姆到奇迹山丘文明的印记被保留了下来，而新的生命则在海洋中孕育，繁衍生息。
方舟搁浅在尼西尔山上，闪姆从里面出来向北走去，她的足迹越过高加索山，来到黑海的北面，漫步在新世界的海边，就在闪姆最后停留的地方，看着那无数的水晶球从水中升起，飞向天际，成为星空与银河。从那天起，月亮与乌图（太阳）也出现在了天空之中。
大海已经把这些链接都记下来了，水晶球就离开了它，飞往天空。从那天起，记忆库有了一个新的名字——阿卡西。
至于阿卡西为何成为星空，可以供天下人阅读，那关乎这世上最古老的秘密。