清康熙二十八年（公元1689年）春正月庚午日，皇帝下诏将进行南巡，实地视察黄河治理工程。丙子日，皇帝正式启程，并特别下诏，所经之处无需百姓特意整修道路。在献县，当地百姓向皇帝进献嘉禾。壬午日，皇帝下诏免除山东地区的地丁赋税。甲申日，皇帝驻跸济南。乙酉日，皇帝遥望祭祀泰山。庚寅日，皇帝抵达剡城，实地查看中河工程。壬辰日，皇帝到达清河。癸巳日，皇帝下诏免除江南地区累计拖欠的二十多万赋税。乙未日，皇帝驻留在扬州，并下诏说：“朕此次出行是为了观察民风、询问民俗，出行不设置隆重仪仗，随从仅三百人。近日驻留扬州，民间街道满是装饰彩绸，虽出自百姓对朕的爱戴敬重，但也难免耗费民力物力。后续行程经过的郡县，此类装饰一概停止。”
二月辛丑日，皇帝驻跸苏州。丁未日，抵达杭州，随即下诏增加当地的学额，赏赐军士，恢复因公降级贬谪官员的官职，按等级赏赐随行的王大臣银币，也赐予驻防当地的年老民众钱财。辛亥日，皇帝渡过钱塘江，来到会稽山麓。壬子日，皇帝祭祀大禹陵，亲自撰写祭文并署名，行九叩大礼，还撰写颂文刻石纪念，题写匾额为“地平天成”。癸丑日，皇帝返回杭州驻留，观看骑射演练，并大宴将军及官兵。丁巳日，皇帝再次来到苏州。已故湖广粮道叶映榴的儿子叶敷迎接圣驾，为父亲请求谥号，皇帝写下“忠节”二字赐给他。松江百姓立碑为皇帝祈寿，并献上碑文；江南百姓恳请皇帝多作停留，还献上当地土产作为御膳，物品堆积在岸边，皇帝仅取米一撮、果一枚，为此多停留一日。浙江巡抚金鋐因罪被削职流放，朝廷任命张鹏翮为浙江巡抚，并增设武昌、荆州、常德、岳州等地的水师。癸亥日，皇帝驻跸江宁。甲子日，皇帝祭祀明孝陵，并赏赐江宁、京口两地驻防的高龄男女白银。乙丑日，皇帝观看射箭，又设宴款待众人。之后，皇帝前往观星台，与学士李光地探讨星象，提及参宿在觜宿之前，恒星随天体运行，老人星在江南可见并非隐现等天文知识。江宁百姓也恳请皇帝多留，皇帝为此又停留了两日。
三月戊辰朔日，皇帝从江宁出发。甲戌日，皇帝视察高家堰，现场指导治河策略。丙戌日，皇帝返回京城，听闻安亲王岳乐去世，便先前往王府吊唁痛哭，之后才回宫。丁亥日，皇帝下令八旗科举考试需先测试骑射。戊子日，皇帝下诏，鉴于靳辅在治理黄河方面功绩显著，恢复其原有官职。丁酉日，朝廷增设八旗火器营，由副都统负责统领。
闰三月壬子日，朝廷给予安亲王岳乐祭葬待遇并立碑，赐谥号“和”。己未日，皇帝前往拜谒皇陵。丙午日，皇帝先后拜谒孝庄皇后陵寝与孝陵。辛酉日，皇帝返回京城。
夏四月乙亥朔日，皇帝撰写《孔子赞序》以及颜回、曾参、子思、孟子四人的赞辞，并颁布于各地学宫。壬辰日，朝廷再次派遣索额图等人前往尼布楚，与俄罗斯商议划定边界。喀尔喀外蒙古归附清朝后遭遇饥荒，皇帝命内大臣伯费扬古前往赈济安抚，同时下令在台湾铸造钱币。
五月乙巳日，朝廷任命阿兰泰、徐元文为大学士，顾八代为礼部尚书，郭琇为左都御史。壬戌日，《孝经衍义》正式颁行。癸亥日，皇帝下令在归化城屯驻军队，加强边境防备。
六月乙亥日，朝廷任命佟宝为宁古塔将军，两广总督吴兴祚因在鼓铸钱币事务中存在欺瞒行为被罢官。
秋七月，朝廷任命石琳为两广总督。癸卯日，皇帝册立贵妃佟氏为皇后。甲辰日，皇后不幸崩逝，谥号“孝懿”。
八月癸酉日，皇帝前往边外巡视。戊寅日，皇帝驻跸博洛和屯，赏赐当地居民银钱和粮食。
九月癸卯日，皇帝返回京城。戊午日，朝廷任命倭赫为蒙古都统，额驸穆赫为汉军都统。
冬十月丙寅日，朝廷任命郎谈为满洲都统。辛未日，朝廷增设喀尔喀两翼扎萨克，招抚流亡民众，编设旗队。癸酉日，左都御史郭琇因写信请托本省巡抚而被降职。甲戌日，孝懿皇后下葬，皇帝亲自护送。当月，岷州的生番部落归附清朝。
十一月丙申日，皇帝回宫。辛酉日，孝懿皇后的神位祔祭于奉先殿。
十二月乙丑日，皇帝下诏免除云南康熙二十一年至二十三年百姓拖欠的赋税。丙寅日，皇帝前往慈宁新宫朝见皇太后。戊辰日，朝廷任命张英为工部尚书。乙亥日，内大臣索额图上疏奏报，与俄罗斯订立条约，确定以尼布楚为边界，并在边界立碑，碑上用五种文字镌刻相关内容。
这一年，朝廷免除直隶、浙江、湖北等省十一个州县因受灾应缴纳的赋税，数额各有不同。朝鲜前来进贡。
清康熙二十九年（公元1690年）春正月癸丑日，皇帝前往南苑。庚申日，朝廷派遣官员赈济蒙古喀尔喀部。
二月甲子日，安亲王岳乐之子马尔浑继承安郡王爵位。乙丑日，朝廷派遣大臣巡视直隶灾区的流民情况，下令五城的粥厂延长施粥期限，加倍发放银米，并增设施粥场所。己巳日，皇帝拜谒孝庄皇后陵寝与孝陵。庚午日，天降大雨。癸酉日，皇帝返回京城。甲戌日，皇帝亲临经筵讲学。戊子日，朝廷起用陈廷敬为左都御史。
三月壬辰朔日，朝廷免除长芦新增的盐课。乙未日，皇帝下诏编纂《三朝国史》。癸卯日，皇帝命令都统额赫纳、护军统领马赖、前锋统领硕鼐率军征讨厄鲁特部。此前，噶尔丹率兵侵犯喀尔喀部，朝廷多次下诏劝谕和解，噶尔丹拒不服从，且其军队逼近边境，因此朝廷下令额赫纳等人前往边境防御。辛亥日，朝廷免除云南黑井增加的盐课，同时任命张思恭为京口将军。
夏四月丁丑日，因干旱，皇帝下诏赦免死罪以下的在押囚犯。甲申日，朝廷在孔子故里阙里修建子思子庙。《大清会典》编纂完成。
五月辛卯朔日，皇帝命令九卿举荐从州县行取到京、能够胜任科道官职的官员。
六月癸酉日，大学士徐元文被免职。戊寅日，噶尔丹追击喀尔喀部，侵入清朝边境。皇帝命令内大臣苏尔达到科尔沁征调蒙古军队进行防御，同时命令康亲王杰书、恪慎郡王岳希率军驻扎在归化城。
秋七月庚寅朔日，朝廷任命张英为礼部尚书，董元卿为京口将军。辛卯日，噶尔丹进犯乌珠穆沁。皇帝任命裕亲王福全为抚远大将军，皇子胤禔为副将，从古北口出兵；任命恭亲王常宁为安远大将军，简亲王喇布、信郡王鄂紥为副将，从喜峰口出兵。内大臣佟国纲、索额图、明珠、彭春等人参与军事谋划，阿密达、阿拉尼、阿南达等人前往军前会合。己亥日，朝廷任命陈廷敬为工部尚书，于成龙为左都御史。癸卯日，皇帝亲自出征，从京城出发。己酉日，皇帝驻跸博洛和屯，因身体不适决定返回京城。
八月乙未朔日，发生日食。抚远大将军裕亲王福全在乌兰布通大败噶尔丹，噶尔丹派喇嘛济隆前来求和，福全没有及时进军追击，皇帝严厉斥责了他。乙丑日，皇帝回到京城。丙子日，噶尔丹进献誓书，皇帝说：“这个敌人不可轻信，我们仍需整顿军队严阵以待。”
九月癸巳日，此前乌兰布通之战中，内大臣公佟国纲阵亡，此时灵柩运回，皇帝命令皇子率领大臣迎接。对战亡官员均赐予祭奠，并按等级给予抚恤。戊申日，朝廷停止当年的秋季处决。壬子日，朝廷放宽民间养马的禁令。
冬十月己未日，皇帝病情稍有好转，便召大学士等大臣到乾清宫轮流奏对。乙亥日，朝廷任命鄂伦岱为汉军都统。辛巳日，领翰林院学士张英因未能察觉编修杨瑄撰写的佟国纲祭文不当，被削去礼部尚书一职，杨瑄则被革除官职，流放边疆并编入旗籍。
十一月己亥日，朝廷任命熊赐履为礼部尚书。甲辰日，达赖喇嘛请求为皇帝上尊号，皇帝没有答应，同时拒绝了他进献的贡品。己酉日，裕亲王福全等人回到京城听候审查。王大臣商议后上奏处理意见，皇帝从轻发落，仍对将士们论功行赏。
十二月丁丑日，皇帝拜谒皇陵，举行孝庄文皇后三年祭礼。庚辰日，皇帝返回京城。
这一年，朝廷免除直隶、江南、浙江、甘肃等省三十二个州县卫所因受灾应缴纳的赋税，数额各有不同。朝鲜前来进贡。
清康熙三十年（公元1691年）春正月戊申日，朝廷册封阿禄科尔沁贝勒楚依为郡王。这是因为他在与厄鲁特的作战中奋勇力战，受伤被俘后仍不屈服，最终成功逃脱。对于阿禄科尔沁部十二旗在战斗中阵亡的台吉，朝廷均追赠为一等台吉，并赐予“达尔汉”称号，其子孙可世袭该称号。此时，噶尔丹再次对喀尔喀发动掠夺。朝廷迅速做出军事部署，任命瓦岱为定北将军，驻守张家口；郎谈为安北将军，驻守大同；同时命令川陕总督会同西安将军，在宁夏驻扎军队进行防备，还启用在籍的勇略将军赵良栋参与军事事务。乙卯日，朝廷任命马齐为兵部尚书。
二月丁巳朔日，发生了日食。乙丑日，皇帝亲临经筵讲学。朝廷下令让步军统领率领巡捕三营，同时兼管五城的督捕事务。戊午日，厄鲁特策旺阿拉布坦派遣使者前来。策旺阿拉布坦是噶尔丹的侄子，皇帝厚赏了使者。待使者返程时，朝廷还派遣郎中桑额护送其前行。
三月戊子日，《翻译通鉴纲目》编纂完成，皇帝亲自撰写序文。己酉日，皇帝赐戴有祺等一百四十八人不同等级的进士及第、出身。
夏四月戊午日，左都御史徐乾学给山东巡抚钱钰私自发信，事情败露后，徐乾学被革职。丁卯日，因喀尔喀归附清朝，皇帝决定亲自前往边外安抚。当天，皇帝启程出发。
五月丙戌日，皇帝驻扎在多罗诺尔，喀尔喀前来朝见。此前，喀尔喀土谢图汗听信哲卜尊丹巴的唆使，杀害了同族的扎萨克图汗得克得黑墨尔根阿海，由此内乱不断，最终被厄鲁特趁机侵扰。此时，皇帝派遣大臣调查此事，土谢图汗、哲卜尊丹巴上奏请罪，皇帝赦免了他们。考虑到扎萨克图汗曾是七旗之长，皇帝令其弟策旺扎布承袭汗号，并封为亲王。丁亥日，皇帝在行幄中召见土谢图汗、哲卜尊丹巴，二人伏地请罪。大臣宣布赦免令后，他们感激涕零。皇帝赐茶、赐宴、赐座，举行盛大宴会，二人行九叩首礼后告退。戊子日，皇帝再次召见土谢图汗、哲卜尊丹巴、策旺扎布、车臣汗以及喀尔喀诸部济农、伟徵、诺颜、阿玉锡等三十五名大台吉赐宴，并说：“朕想与你们熟识，所以再次设宴款待。”随后赏赐他们冠服。因策旺扎布年幼，皇帝特赐给他皇子的衣帽和数珠。车臣汗的叔叔扎萨克济农纳穆扎尔，此前曾劝说车臣汗率领十万部众归顺，起到带头作用，朝廷认为他的行为十分可嘉，准许他照旧担任扎萨克，去掉济农称号，封为郡王，其余人也分别被封以不同爵位。皇帝还传谕喀尔喀部：“你们已穷困到极点，还相互抢夺，朕已对你们进行拯救和抚养。如今将你们与四十九旗一样编设各处扎萨克进行管辖和稽查，你们务必遵守相关规定。若再肆意妄为，必将受到国法惩处。”己丑日，皇帝身披甲胄、骑着马，全面检阅各部。下马后亲自射箭，十箭射中九箭。随后举行大规模阅兵，满洲兵、汉军兵、古北口兵列阵，号角齐鸣，鸟枪齐发，声响震动山谷。众多喀尔喀人围观后惊叹：“真是神威啊！”科尔沁、喀尔喀各蒙古王贝勒请求为皇帝上尊号，皇帝没有答应。庚寅日，皇帝巡视喀尔喀营寨，赏赐牛羊给当地穷困之人。辛卯日，朝廷派遣官员前往编设喀尔喀佐领，并划定游牧区域。乌珠穆秦台吉车根等人因归降厄鲁特，经核实后被治罪。壬辰日，皇帝启程回朝。癸卯日，皇帝返回京城。辛亥日，朝廷根据御史江蘩的建议，将会试中卷分为南左、南右、北左、北右、中左、中右。壬子日，群臣请求为皇帝上尊号，皇帝依旧没有答应。
六月乙卯日，朝廷任命李天馥为吏部尚书，陈廷敬为刑部尚书，高尔位为工部尚书。
秋七月甲申日，西安将军尼雅翰奉皇帝诏令，督率军队将巴图尔额尔克济农迁往察哈尔。济农因惧怕而逃走，尼雅翰追击未果，经审查被判处死刑。皇帝命令总督葛思泰继续追讨。朝鲜有人因购买《一统志》在其国内获罪。退休的大学士杜立德去世，朝廷给予祭葬，谥号文端。
闰七月丙辰日，葛思泰上疏奏报，济农的弟弟博济在昌宁湖，经总兵柯彩派兵围剿击败，生擒博济及此前被拘禁的格隆等人，全部斩首。乙亥日，皇帝前往边外巡视。
九月辛酉日，皇帝回朝，途中经过遵化，拜谒孝庄皇后陵寝与孝陵。乙丑日，皇帝返回京城。庚午日，朝廷任命公阿灵阿为蒙古都统。甲戌日，皇帝命令侍郎博济、李光地、徐廷玺偕同靳辅视察黄河工程。
冬十月庚寅日，谢尔素番盗杀害参将朱震，西宁总兵官李芳述擒获盗首华木尔加并将其诛杀。癸巳日，朝廷任命巴德浑为满洲都统，杭奕禄为荆州将军。丁未日，甘肃提督孙思克讨伐阿奇罗卜藏，并将其斩杀。此前，前往厄鲁特的侍读学士达虎返回途中，行至嘉峪关时被阿奇罗卜藏杀害，皇帝于是命令孙思克前往讨伐，至此传来捷报。
十一月丁巳日，朝廷任命索诺和、李振裕为工部尚书，伊勒慎为满洲都统。己未日，皇帝下诏说：“朕崇尚道德教化，废除繁杂苛刻的政令，对大小臣子都施以恩礼。即便有人因事被罢退，仍让他们能在乡里安度生活。近来臣子之间相互争斗、结怨，纷争不断，甚至出现党同伐异的不良风气，难道想要重蹈明朝末年党争的覆辙吗？希望大家摒弃私人恩怨，共同秉持公正忠诚之心。若有人坚持错误不知悔改，朕必定彻底追究惩处。”当时，徐元文、徐乾学、王鸿绪已被罢官，而傅腊塔等人又挖掘一些细微之事，牵连他人制造案件，所以皇帝特此下诏警示告诫。甲戌日，皇帝下诏说：“钦天监奏报，来年正月初一将发生日食。天象出现警示，朕深感忧虑。因此取消正月初一的筵宴等礼仪。各位大臣应一心尽职，帮助朕反省修身。”
十二月甲申日，皇帝下诏说：“朕统治天下，一心想着爱护养育百姓，使他们生活安稳富足。近年来，地丁赋税已多次减免，但每年运送的漕米，百姓仍在缴纳，朕时常挂念于心。除河南已减免外，湖广、江苏、浙江、安徽、山东的漕米，将依次各减免一年，以缓解百姓负担。”丁亥日，朝廷将旗庄壮丁迁移到古北口外达尔河开垦田地。派遣侍郎阿山、德珠等人前往陕西监督赈灾。壬辰日，皇帝谕令总督、巡抚、提督、总兵等举荐有能力且曾立过功的武职人员，在京的八旗旗员，则由都统等负责举荐。
这一年，朝廷免除直隶、江南、江西、河南、山东、陕西、湖广、云南等省一百八十八个州县因受灾应缴纳的赋税，数额各有不同。朝鲜、安南、琉球前来进贡。
清康熙三十一年（公元1692年）春正月辛亥朔日，发生日食，朝廷因此免去朝贺仪式。甲寅日，皇帝驾临乾清门，向大臣展示太极图、五音八声八风图，并说道：“《律吕新书》中‘径一围三’的方法，实际应用并不准确。直径一尺，圆周应当是三尺一寸四分一厘，累积到百丈，误差就超过十四丈了，怎能采用呢？只有隔八相生的理论，经过验证完全符合。”皇帝还谈论到河道闸口的流水量，通过计算可以得出昼夜的流量。随后又展示测日晷表，并画出正午日影的位置，经验证毫无误差，大臣们无不叹服。庚午日，皇帝前往南苑围猎。
二月辛巳日，朝廷任命靳辅为河道总督。乙酉日，因陕西发生旱灾，朝廷调拨山西库银、襄阳粮食前往赈济。丁亥日，皇帝巡视京城周边地区。辛卯日，陕西巡抚萨弼因赈灾工作不实被革职。戊戌日，皇帝返回京城。己亥日，皇帝亲临经筵讲学。乙巳日，朝廷任命马齐为户部尚书。
三月丙辰日，朝廷派遣内大臣阿尔迪、理藩院尚书班迪前往边外设立蒙古驿站。乙丑日，朝廷命令府丞徐廷玺协助办理河工事务。朝廷加封甘肃提督孙思克为太子少保，并授予世袭官职。退休的大学士冯溥去世，朝廷给予祭葬，谥号文敏。朝廷任命阿席坦为满洲都统，设置云南永北镇。
夏四月庚辰朔日，朝廷任命希福为满洲都统，护巴为蒙古都统。己丑日，朝廷调拨百万两库银赈济陕西，并派尚书王骘、沙穆哈前往监督并酌情增加赈济力度。戊戌日，皇帝驾临瀛台，召集近臣观赏稻田和竹林。河道总督靳辅奏请新建新庄、仲家浅各一座水闸，朝廷将此提议交予相关部门审议后施行。
五月庚寅日，皇帝谕令户部，鉴于山西平阳丰收，可派官员前往采购粮食以备荒年。朝廷任命王维珍负责此事。癸卯日，朝廷将喀尔喀部划定为三路，土谢图部为北路，车臣部为东路，扎萨克图部为西路，其所属部落各自按照划分的区域划定左右翼。
六月庚辰日，朝廷任命宋荦为江宁巡抚。乙未日，蒙古科尔沁部进献锡伯、卦尔察、打虎尔等一万多户人口，朝廷赏赐银两作为酬谢。
秋七月乙亥日，皇帝前往塞外巡视。
八月己丑日，朝廷任命翁叔元为刑部尚书，博济为西安将军，李林隆为固原提督，李芳述为贵州提督。
九月戊申日，噶尔丹的部属擒获并杀害了朝廷使臣马迪。庚戌日，皇帝返回途中驻留汤泉。己未日，皇帝回到京城。丁卯日，皇帝亲临经筵讲学。壬申日，皇帝在玉泉山举行大规模阅兵。
冬十月己卯日，皇帝下诏说：“陕西连年遭遇灾荒，又加上瘟疫流行，朝廷虽多方赈济，但百姓长期积累的困苦仍未缓解。明年陕西的地丁税粮全部免除，以往拖欠的赋税也一概豁免，以此体现朕爱护百姓的心意。”庚辰日，朝廷任命李天馥为大学士。壬午日，皇帝拜谒皇陵。朝廷特赦陕西，除犯十恶不赦之罪及在军中获罪者外，其余罪犯均免死并减罪一等。朝廷任命佛伦为川陕总督，宗室董额为满洲都统。庚寅日，皇帝返回京城。癸巳日，朝廷任命熊赐履为吏部尚书，张英为礼部尚书。庚子日，朝廷停止各省进献鲜茶以及递送表笺。
十一月庚戌日，朝廷任命阿灵阿为满洲都统。甲寅日，朝廷命令熊赐履勘察淮、扬两州滨河干涸的田地。丙寅日，朝廷加封孙思克为振武将军，任命觉罗席特库为蒙古都统。
十二月壬午日，河道总督靳辅去世，朝廷给予祭葬，谥号文襄。朝廷任命于成龙为河道总督，董讷为左都御史。壬辰日，朝廷任命郎化麟为汉军都统。辛丑日，因西安发生饥荒，朝廷运送襄阳粮食前往平抑物价。朝廷加封希福为建威将军，移师驻守右卫。皇帝召科尔沁蒙古王沙津入京，当面授予计策，让他诱引噶尔丹。
这一年，朝廷免除陕西、江南、四川等省十三个州县因受灾应缴纳的赋税，数额各有不同。朝鲜前来进贡。
清康熙三十二年（公元1693年）春正月甲子日，皇帝下诏，朝鲜每年进贡的黄金、木棉永远停止。二月乙亥朔日，朝廷调拨库银，招募商人运米到西安，以平抑物价。丙子日，朝廷派遣内大臣坡尔盆等人前往督管归化城三路屯田事务。皇帝下诏修建南河周桥堤工，往年靳辅与陈潢曾规划治理此地，此时阅河大臣将相关图纸进呈，皇帝特地下诏修建。策旺阿拉布坦派遣使臣入朝进贡，并报告了使臣马迪被害及噶尔丹的秘密情况，朝廷赏赐彩缎表示嘉奖。癸未日，皇帝亲临经筵讲学。朝廷将宣府六厅十卫改为一府八县。戊子日，朝廷任命郎谈为昭武将军，偕同阿南达、硕鼐率领军队奔赴宁夏，将军博济、孙思克参与军事事务。庚寅日，皇帝巡视京城周边地区，查看霸州苑家口堤工，谕令巡抚郭世隆负责修缮。庚子日，皇帝返回京城。贵州巡抚卫既齐上疏奏报剿办土司情况失实，被革职流放至黑龙江。
三月丙午日，朝廷派遣皇子胤禔祭祀华山。丁未日，朝廷将饶州府治所迁至景德镇。乙卯日，朝廷设置广东运司、潮州运同。庚午日，皇帝下诏，赵良栋是朝廷旧臣，可暂时兼任宁夏总兵。
夏四月丙戌日，喀尔喀台吉车凌扎布从俄罗斯前来归附，朝廷赏赐他袍服，并赐予克鲁伦作为游牧之地。癸巳日，朝廷下令核查各省解送的物料，共九十九项，减去其中四十项，免除解送。丁酉日，朝廷任命心裕为蒙古都统。
五月庚戌日，朝廷任命内大臣伯费扬古为安北将军，驻守归化城。
六月乙亥日，朝廷增加八旗乡试、会试的中选名额。
八月甲戌日，朝廷免除广西、四川、贵州、云南四省明年的地丁税粮。癸未日，皇帝前往塞外巡视并围猎。蒙古科尔沁各部前往皇帝驻地朝见，皇帝赏赐他们冠服和银币。
九月丁未日，朝廷修缮盛京城。丙寅日，琉球前来进贡，朝廷遣返其作为人质的王子回国。丁卯日，皇帝返回京城。
冬十月壬申日，皇帝下诏说：“给事中彭鹏弹劾顺天考官，请求朕亲自审讯，这是认为大臣都不可信了。治理天下应当注重整体，若朕事事都亲自处理，那么众多事务如何能办理完呢？”壬辰日，皇帝在玉泉山举行大规模阅兵。丁酉日，俄罗斯察汉汗前来进贡。皇帝对大学士说：“藩属国前来朝贡，固然是盛事，但传到后世，未必不会因此滋生事端。只有国家安宁，外患才不会发生，应当把培养国家元气作为根本。”
十一月辛丑日，皇帝侍奉皇太后拜谒孝庄皇后陵寝、孝陵。庚申日，皇帝返回宫中。甲子日，皇帝下诏免除顺天、河间、保定、永平四府明年的税粮。
十二月辛未日，朝廷任命宗室公杨岱为蒙古都统。丁亥日，皇帝前往南苑围猎。皇帝谕令：“满洲官兵近来不如从前精锐，所以近年来朕亲自校阅，并时常举行围猎。近日看到士卒们行列整齐，进退熟练，赏赐军校一个月的钱粮，赏赐其主管官员绸缎，以此激励军队。”丁酉日，皇帝在太庙举行合祭大典。
这一年，朝廷免除直隶、江南、江西、浙江、山西、湖广等省六十九个州县因受灾应缴纳的赋税，数额各有不同。朝鲜、琉球前来进贡。
清康熙三十三年（公元1694年）春正月乙卯日，盛京粮食歉收，皇帝命马齐迅速前往，用仓库的粮食供给兵丁，并通过海运将山东仓库的粮食运往盛京，以保障百姓的粮食供应。丙辰日，皇帝召见河道总督于成龙，问道：“你之前说减水坝不应该开，还说靳辅浪费钱粮，现在结果如何？”于成龙回答：“臣之前确实是妄言。如今所办之事都是依照靳辅的方法。”皇帝说：“既然如此，那你之前说得不对，靳辅做得对，为何不明白上奏，还要等着诬陷他吗？”于是皇帝告知大学士：“于成龙之前上奏说靳辅未曾在河堤种植柳树，朕南巡时，指着河堤边的柳树询问，他无言以对。又上奏说靳辅放水淹没民田，朕又亲自到当地查看，根本不会淹到麦田。而王骘、董讷等人也附和于成龙的说法。”朝廷相关部门商议后，决定将于成龙革职并施以枷刑、杖责。皇帝表示：“他经手的工程还未完成，应革职留任。”王骘被令退休，董讷被革职。
二月辛未日，皇帝亲临经筵讲学。癸酉日，大学士请求每隔三四日举行一次御门听政。皇帝说：“昨日下令六十岁以上的大臣隔日奏事，只是优待老臣罢了。至于朕，怎敢贪图安逸，仍要每日照常听政。”丁丑日，朝廷任命诺穆图为汉军都统。庚辰日，皇帝巡视京城周边地区，并下令修缮通州至西沽两岸的堤工。
三月辛丑日，皇帝返回京城。礼部尚书沙穆哈因在商议皇太子祭祀奉先殿的仪式注疏时态度不敬被免官。辛酉日，皇帝赐胡任舆等一百六十八人不同等级的进士及第、出身。朝廷任命范承勋为左都御史。
夏四月庚午日，理藩院上奏，经编审，外藩蒙古四十九旗人口共有二十二万六千七百余人。辛巳日，朝廷任命查木扬为杭州将军。
五月戊寅日，步军统领凯音布上奏，请求禁止行人在新修的天坛道路上往来。皇帝说：“修路是为了百姓。如果不让人走，修它有什么用？以后要是道路损坏，让步兵随时进行修缮。”顺天学政李光地遭遇母亲去世，皇帝命他在京城守丧。甲辰日，皇帝命令翰林院、詹事府、国子监每日轮流派四名官员入值南书房。辛亥日，朝廷任命纪尔他布为满洲都统，噶尔玛为蒙古都统。甲寅日，皇帝下诏编纂《类函》。丁巳日，皇帝巡视京城周边地区，查看河堤，并告诫随行卫士要鱼贯而行，不要践踏农田。戊午日，皇帝视察龙潭口。己未日，皇帝又视察了化家口、黄须口、八百户口、王家甫口、筐儿港口、白驹场口，对于薄弱之处，都下令进行增修。庚申日，皇帝视察桃花口、永安口、李家口、信艾口、柳滩口等处新修的堤坝，说：“新修的堤坝非常坚固，百姓可以免受数年水患之苦了。”壬戌日，皇帝返回京城。
闰五月庚午日，皇帝在丰泽园对翰林出身的官员进行考试。
六月辛丑日，朝廷加封湖广提督徐治都为镇平将军。丙辰日，朝廷任命范承勋为江南江西总督。
秋七月丁卯日，朝廷任命蒋弘道为左都御史，调任王士禛为户部左侍郎，王掞为户部右侍郎。巴图尔额尔克济农奏报，归降之人祁齐克逃走，朝廷派兵追击并斩杀了他。丁亥日，皇帝寻求文学方面的人才。大学士举荐了徐乾学、王鸿绪、高士奇以及韩菼、唐孙华。皇帝说：“韩菼不是被贬降职的人，应当以原官职召回补用。徐乾学、王鸿绪、高士奇可以起用他们编纂书籍。同时把徐秉义也召来。”后来，皇帝测试唐孙华的诗作，认为很好，授予他礼部主事、翰林院行走的职位。己丑日，江南江西总督傅拉塔去世，朝廷追赠他为太子太保，给予祭葬，谥号清端。庚寅日，皇帝前往塞外巡视。
八月己未日，皇帝驻扎在拜巴哈昂阿。喀尔喀哲布尊丹巴前来朝见，皇帝赏赐他冠服。
九月己巳日，朝廷增加八旗入学名额。己卯日，皇帝返回京城。壬午日，朝廷任命石文炳为汉军都统，王继文为云南贵州总督。
冬十月丙申日，朝廷任命吴赫为四川陕西总督。乙巳日，朝廷任命金世荣为福州将军。十一月丁卯日，温僖贵妃钮祜禄氏去世。癸酉日，朝廷任命张旺为江南提督。戊寅日，朝廷起用陈廷敬为户部尚书。
十二月庚戌日，朝廷任命觉罗席特库为满洲都统，杜思噶尔为蒙古都统。
这一年，朝廷免除直隶、山东等省十二个州县因受灾应缴纳的赋税，数额各有不同。朝鲜前来进贡。
清康熙三十四年（公元1695年）春正月丁亥日，朝廷任命护巴为满洲都统。
二月己亥日，朝廷任命郭世隆为浙江福建总督。丁巳日，太和殿修建完成。退休的大学士李之芳去世，朝廷给予祭葬，谥号文襄。
三月丙戌日，朝廷任命石文英为汉军都统。
夏四月丁酉日，平阳府发生地震。甲辰日，朝廷派遣使者册封班禅胡土克图。己酉日，朝廷追叙赵良栋平定四川、云南的功绩，授予他一等子的世袭职位，其部下将领也分别得到升迁和赏赐。己未日，朝廷任命李辉祖为河南巡抚。
五月壬寅朔日，朝廷派遣尚书马齐前往勘察、赈济地震灾民。巡抚噶世图因玩忽救灾职责被免职。辛未日，皇帝命令在京的八旗分别划分土地，各自建造两千间房屋供士兵居住。壬申日，皇帝巡视京城周边地区，查看新修的堤坝以及海口运道，并下令修建海神庙。戊子日，皇帝返回京城。
六月丁酉日，朝廷册封皇太子胤礽的妃子石氏。庚子日，因长时间降雨，皇帝下诏让朝廷大臣陈述时政得失，礼部举行祈晴仪式。庚申日，漕运总督王樑上奏弹劾卫千总杨奉在漕运船上装载货物。皇帝谕示：“商人装载货物，对漕运有什么妨碍？王樑却将货物搜出丢弃在两岸，行为十分粗暴，立即解除他的职务。”
秋七月己丑日，朝廷任命觉罗舒恕为宁夏将军，鄂罗顺为江宁将军。赵良栋请求前往江南就医，皇帝下令给予他南巡时乘坐的旧船。
八月壬辰日，皇帝前往塞外巡视。辛丑日，博济上奏报告，噶尔丹的属下五百名回子擅自进入三岔河汛界，肃州总兵官潘育龙将他们全部俘虏，并拘禁在肃州。丙午日，皇帝抵达克勒和洛。皇帝命令宗室公苏努、都统阿席坦、护巴领兵防备噶尔丹。己酉日，皇帝抵达克勒乌理雅苏台。朝廷调任董安国为河道总督，桑额为漕运总督。
九月辛巳日，皇帝返回京城。癸未日，皇帝下诏，顺天、保定、河间、永平四府因水灾损害庄稼，免除明年的地丁钱粮，同时运送四万石米前往平抑粮价。
冬十月丁未日，皇帝命令内大臣索额图、明珠前往视察噶尔丹的情况。
十一月己未朔日，发生日食。壬戌日，皇帝命令大军分三路防备噶尔丹，军队携带八十日的口粮，所需的驼马、粮食，命令侍郎陈汝器、前左都御史于成龙分别监督运输。丙寅日，朝廷停止当年的秋季处决。庚午日，皇帝命令李天馥再次担任大学士。庚辰日，皇帝在南苑举行大规模阅兵。戊子日，皇帝任命安北将军伯费扬古为抚远大将军。朝廷派遣大臣前往蒙古征集军队，并告知出师日期。
十二月己亥日，皇帝命令将军博济、孙思克率军从镇彝出发。乙巳日，平阳发生地震，皇帝命令免除本年的粮食赋税，同时免除山西、陕西、江南、浙江、江西、湖广、广东、福建等省拖欠的赋税，赦免死罪以下的犯人，并下令，如果有不利于百姓的政令，让各地督抚上报。朝廷任命齐世为满洲都统。
这一年，朝廷免除直隶、山西、江西、福建、广东等省十二个州县因受灾应缴纳的赋税，数额各有不同。朝鲜、琉球前来进贡。
清康熙三十五年（公元1696年）春正月甲午日，康熙皇帝下诏，宣布将亲自率军征讨噶尔丹，并设宴犒劳随征的大臣和将士。甲申日，朝廷任命公彭春参与西路军务的谋划与协助。
二月丁亥朔日，皇帝拜谒皇陵。辛卯日，皇帝返回京城。壬辰日，朝廷任命硕鼐为蒙古都统。癸丑日，皇帝举行仪式，向天地、宗庙、社稷祭告此次出征之事。甲寅日，皇帝命皇太子胤礽留守京城。丙辰日，皇帝亲自统率六军，正式踏上征程。
三月戊辰日，皇帝来到行宫，观看将士射箭演练。辛未日，大军抵达滚诺，突降大雨雪，皇帝坚持露天站立，直到军士们扎营完毕，才进入营帐；等军中都做好饭，他才开始进餐。还把自己营帐中的粮草留下，供给后面赶到的人。庚辰日，朝廷赐予已故巡抚王维珍祭葬的待遇，并追谥“敏悫”。
夏四月辛卯日，皇帝驻扎在格德尔库。壬辰日，移驻塔尔奇拉，并下令：“如今已抵达边界，从明日起，全军都要环形扎营。”前方哨兵侦察到噶尔丹在克鲁伦一带，皇帝便命蒙古兵先行进发，占据河岸。
五月丙辰朔日，皇帝驻跸拖陵布拉克。辛酉日，抵达枯库车尔。壬戌日，得知噶尔丹确切位置后，皇帝亲自率领前锋部队率先出发，其他各军分成两翼跟进，在燕图库列图扎营。此地向来缺水，然而大军一到，山泉竟喷涌而出，皇帝还亲自前去查看。癸亥日，大军抵达克鲁伦河。皇帝对大臣们说：“噶尔丹不懂得凭借河流据守抵抗，看来他没什么本事了。”此前，前哨中书阿必达侦察后报告，噶尔丹一开始根本不相信清军会突然到来，等他登上孟纳尔山，远远望见皇帝的黄色营帐和庞大的军阵，大军如乌云般聚集，一眼望不到边际，不禁大惊失色：“怎么来得这么快！”于是丢弃营帐，连夜逃跑。清军查验其军队留下的马粪，判断他们大约已逃走两天。皇帝率轻骑兵追击，沿途所见，噶尔丹部丢弃的各种财物、驼马，还有妇女儿童，数不胜数。皇帝回头问科尔沁王沙津：“敌人怎么如此仓皇？”沙津回答：“为了逃命罢了。”喀尔喀王纳木扎尔也说：“当年我们逃难的时候，也是这般狼狈。”皇帝写信给皇太后，详细汇报军中情况，并约定回京日期。追击到拖纳阿林后，皇帝决定回师，改令内大臣马思喀继续追击。戊辰日，皇帝正式班师返程，当天清晨，天空中出现五色祥云。癸酉日，大军驻扎中拖陵。抚远大将军伯费扬古在昭莫多大败噶尔丹，斩杀敌军三千人，还阵斩噶尔丹的妻子阿奴，噶尔丹仅率数名骑兵逃脱。癸未日，皇帝抵达察罕诺尔，召见蒙古诸王，褒奖他们在修路、打井、放牧等方面的功劳，分别赏赐白银。
六月癸巳日，皇帝回到京城。此次战役，中路军由皇帝亲自统帅，逼走噶尔丹；西路费扬古大败噶尔丹；只有东路萨布素因路途遥远，未能按时到达，没有立下战功。甲午日，朝廷论功行赏，喀尔喀郡王善巴因将全部马匹借给军队用于作战，晋封为亲王；贝子盆楚克因侦察敌情立有功劳，被封为郡王。大臣们举行庆贺仪式。乙未日，皇帝下令，察哈尔护军每月饷银增加一两，喀尔喀人每人赏赐六两白银，期限为三年。同时下诏，暂停当年的秋审。壬子日，朝廷任命吴琠为左都御史；调张旺任福建水师提督，张云翼任江南提督。
秋七月戊午日，朝廷因平定朔漠的功绩，在太学立碑刻石以作纪念。任命李辉祖为湖广总督。癸亥日，朝廷增加各省乡试录取名额。戊辰日，改任吴英为福建陆路提督，岳升龙为四川提督。
八月丁酉日，索诺和因军需供应不足被免职，朝廷任命凯音布为兵部尚书。
九月甲寅朔日，回回国王阿卜都里什克上奏：“臣仰仗天威，得以归降。如今臣将返回叶尔钦，恳请陛下下旨，让策旺阿拉布坦不要加害于我。”乙卯日，朝廷赏赐归降的厄鲁特人官职、衣物和粮食。壬申日，皇帝前往塞外巡视。丙子日，抵达沙城后，皇帝下诏：“近年来，宣化地区为牧养军马，百姓负担繁重，民力损耗极大，特免除该地区明年全部赋税。”丁丑日，副都统祖良璧在翁金击败噶尔丹部将丹济拉。
冬十月甲申朔日，朝廷派遣官员携带衣物、裘皮、牛羊等物资，赏赐西路军将士。丁亥日，皇帝驻扎昭哈，赏赐右卫、大同两地在战斗中阵亡的军士家属白银。庚寅日，大将军费扬古押送俘虏前来，皇帝下令赐银将俘虏赎回，让他们与家人团聚。戊申日，皇帝亲自看望右卫军士，赐给他们食物，并传旨说：“昭莫多之战，你们在缺粮的情况下徒步作战，还能抵御敌人，所以特地赏赐食物，你们向国库所借的银子也全部免除。受伤生病的人，另外还有赏赐。”众军士叩首，欢呼致谢。庚戌日，皇帝驻跸丽苏，写信给皇太后，感谢她赏赐的裘皮衣物。
十一月戊寅日，噶尔丹派使者前来乞降，使者格垒沽英抵达后，其实是想试探皇帝的态度。皇帝告诉他：“给你七十天时间，超过这个期限，我就继续进兵！”庚辰日，皇帝开始启程回京。
十二月壬寅日，皇帝回到京城。朝廷任命宗室费扬固驻守右卫，祁布为满洲都统，雷继尊为汉军都统。庚戌日，皇帝下诏：“陕西、甘肃沿边的州县卫所，地处军队过往要道，供应物资繁多，百姓生活困苦，特免除这些地区明年的地丁银米赋税。”
这一年，朝廷免除江南、江西等省三十二个州县因受灾应缴纳的赋税，数额各有不同。朝鲜前来进贡。
清康熙三十六年（公元1697年）春正月丙辰日，皇帝前往南苑围猎。戊辰日，哈密回部将噶尔丹之子塞卜腾巴尔珠尔抓获并献给朝廷。己巳日，朝廷派遣官员慰问勇略将军赵良栋，赏赐人参、鹿尾。甲戌日，皇帝说：“我看《明史》，整个明朝都没有太后干预政事，也没有大臣欺凌君主的情况。我朝有很多事例都借鉴了明朝。我不会像前人那样，动辄讥讽前朝是亡国之朝。如今正在修订《明史》，把我的这番话加入敕书之中。”
二月丁亥日，皇帝再次亲自出征噶尔丹，启程出发，当天驻扎昌平。阿必达上奏，哈密抓获了厄鲁特人土克齐哈什哈，此人正是杀害使臣马迪的主犯。皇帝下令将其处死，子女罚没，给马迪家为奴。戊戌日，皇帝驻跸大同。丁未日，抵达李家沟。戊申日，皇帝下诏，免除大军行进途中所经过的岢岚、保德、河曲等州县当年的赋税。当天，驻扎辇鄢村，此地原本缺水，没想到山泉突然涌出，人马用水充足。庚戌日，朝廷派遣官员祭祀黄河之神。
三月丙辰日，皇帝驻跸屈野河，厄鲁特人多尔济、达拉什等人先后前来归降。皇帝赏赐哈密回王金银财宝、冠服。丁巳日，赵良栋去世，皇帝听闻后，叹息哀悼许久，对身边大臣说：“赵良栋，真是个了不起的人物！”辛酉日，皇帝抵达榆林。戊辰日，到达安边城。宁夏总兵王化行邀请皇帝到花马池打猎，皇帝拒绝道：“何不好好休养马力，用来对付噶尔丹？”辛未日，皇帝抵达花马池。丙子日，皇帝从横城渡过黄河，派遣皇长子胤禔前往祭奠赵良栋和前任提督陈福。丁丑日，皇帝驻跸宁夏，抚恤昭莫多、翁金战役中阵亡的官兵。己卯日，祭祀贺兰山。庚辰日，皇帝举行阅兵仪式，还让侍卫把自己御用的食物分赐给战士们。
闰三月辛巳朔日，发生日食。庚寅日，康亲王杰书去世。宁夏百姓听说皇帝即将离开，恳请他多停留几日，皇帝说：“边境地区土地贫瘠，我多留一天，就多给百姓增添一天的负担。你们的诚意，我已经知道了。”
夏四月辛亥日，皇帝驻扎狼居胥山。甲寅日，开始返程。庚申日，皇帝下令，各省选拔文才与品行俱佳的士人作为拔贡生，送入国子监学习。甲子日，费扬古上疏奏报，闰三月十三日，噶尔丹服毒自尽，其女儿钟齐海率领三百户人前来归降。皇帝率领百官举行拜天仪式，并下令各路军队班师回朝。当天，天降大雨。归降的厄鲁特人请求举行庆贺活动，皇帝制止了他们。此前，皇帝本打算视察宁夏的黄河，从横城乘船出发，到湖滩河朔后登陆，步行率领侍卫打猎，以打到的鱼和水鸭为食，最后在包头镇与车队会合。
五月乙未日，皇帝回到京城。丁酉日，朝廷进行人事调整，任命傅拉塔为刑部尚书，席尔达为左都御史，翁叔元被罢官，吴琠改任刑部尚书，张鹏翮任左都御史。癸卯日，礼部请求为皇帝上尊号，皇帝没有答应。
六月甲寅日，礼部请求在大军经过的名山上，刻石记载此次战功，皇帝同意了。朝廷赐予已故勇略将军、一等子赵良栋祭葬的待遇，追谥“襄忠”。
秋七月癸未日，群臣请求为皇太后上徽号，多次上奏，均被皇太后拒绝。乙未日，因朔漠平定，朝廷派遣官员祭告天地、宗庙、皇陵和先师孔子。皇帝赐李蟠等一百五十人不同等级的进士及第、出身。晋封大将军伯费扬古为一等公，参与军务的其他官员也分别授予世袭官职。辛丑日，朝廷免除旗兵向国库的借款。乙巳日，朝廷派遣官员携带财物赏赐外藩四十九旗的士兵。丁未日，皇帝前往塞外巡视。
八月乙亥日，皇帝驻跸巴图舍里，赏赐蒙古的王爷、公卿、台吉们银币。
九月癸未日，厄鲁特部的丹济拉前来归降，皇帝单独在毡帐中召见了他。丹济拉出来后对人说：“我是个有罪之人，皇上却丝毫不怀疑我，真是神人啊！”甲午日，皇帝返回京城。庚子日，朝廷任命都统凯音布兼任步军统领。壬寅日，皇帝亲临经筵讲学。乙巳日，振平将军、湖广提督徐治都去世，朝廷追赠他为太子少保，给予祭葬，谥号“襄毅”；赈济黑龙江遭受水灾的居民；任命席尔达为兵部尚书，哈雅尔为左都御史。
冬十月己巳日，朝廷开始允许宗室子弟参加乡试、会试。壬戌日，皇帝下诏：“近年来，军队出征往返，多次经过山西，百姓承担了物资供应和运输的劳苦，特免除山西明年的赋税。”朝廷论功行赏，为随征的镇国公苏努晋升爵位，封为贝子。庚午日，皇帝拜谒皇陵。甲戌日，太监刘进朝因讹诈他人，被判处死刑。
十一月辛巳日，皇帝返回京城。丙戌日，和硕恪靖公主下嫁喀尔喀郡王敦多布多尔济。戊戌日，朝鲜前来请求购买粮食，朝廷下令运送三万石米前往赈济。甲辰日，皇帝下诏，要求各省一旦发现灾情，必须立即查明并上报。
十二月丁卯日，朝廷改任宗室董额为满洲都统。乙亥日，皇帝在太庙举行合祭大典。
这一年，朝廷免除直隶、江南、安徽、江西等省五十九个州县因受灾应缴纳的赋税，数额各有不同。朝鲜、琉球、安南前来进贡。
清康熙三十七年（公元1698年）春正月庚寅日，策旺阿拉布坦上奏，陈述第巴隐瞒达赖喇嘛圆寂一事，排斥班禅而抬高自己的地位，恳请皇帝明察。皇帝回复道：“朕曾下敕令斥责第巴，让他上奏认罪，如果他坚持错误不知悔改，朕绝不会轻易饶恕。”同时派遣侍读学士伊道等人携带敕令前往。癸卯日，皇帝启程前往五台山巡视。甲辰日，抵达涿州，皇帝命令皇长子胤禔、大学士伊桑阿前往祭祀金太祖、世宗陵寝。
二月辛亥日，皇帝下诏，免除山西康熙三十六年拖欠的赋税。癸丑日，皇帝驻跸菩萨顶。乙丑日，朝廷派遣官员前往山东赈济灾民。戊辰日，皇帝返回京城。
三月丙子朔日，皇帝亲临经筵讲学。丁丑日，皇帝进行皇子册封，封皇长子胤禔为直郡王，皇三子胤祉为诚郡王，皇四子胤禛、皇五子胤祺、皇七子胤祐、皇八子胤禩均封为贝勒。戊子日，朝廷下令禁止酿造烧酒。辛卯日，直隶巡抚于成龙上奏，称与西洋人安多等人一同勘察浑河，计划进行加固修缮和疏浚工作，并绘制图纸呈交皇帝。皇帝批复：“务必在六月内完工。”
夏四月癸亥日，朝廷减少广东海关的税额。己巳日，皇帝下诏，温郡王延寿因行为不端，降为贝勒；贝子袁端被削去爵位。壬申日，朝廷命贝子苏努掌管盛京将军事务。癸酉日，皇帝巡视漕河。
五月甲戌日，武清百姓请求修筑外堤。皇帝表示：“修筑外堤恐怕会损害民田。”百姓回应：“河水决堤的危害，比损害农田更为严重。”皇帝说：“雨季即将来临，暂且先竖立木桩保护堤坝，开挖小河排水，等到明年春天雨水来临前，一定为你们建成外堤。”癸未日，皇帝返回京城。壬寅日，朝廷裁撤上林苑。同时任命李林盛为陕西提督，张旺为广西提督。就在这个月，策旺阿拉布坦上奏，陈述与哈萨克发生战争，以及拘禁丹津鄂木布的缘由。皇帝命将此奏疏出示给议政大臣们商议。
六月辛亥日，朝廷将吴英调任为福建水师提督。丁巳日，朝廷将四川梁万营改为化林营，并设置参将及以下官职。己未日，云南巡抚石文晟上奏，请求准许三藩属人中，那些奉旨免于缉拿的人，开垦田地并参加科举考试。皇帝批准了这一请求。
秋七月癸酉朔日，张玉书遭逢母亲丧事。朝廷任命吴琠为大学士，王士禛为左都御史。辛卯日，皇帝命令吏部，每月选拔的同知、通判、知州、知县等官员，需经皇帝亲自召见。癸巳日，霸州新河修筑完成，皇帝赐名“永定河”，并修建河神庙。己亥日，朝廷任命卢崇耀为广州将军，殷化行为广东提督。庚子日，朝廷任命苏尔发为满洲都统。辛丑日，皇帝侍奉皇太后东巡，取道塞外。
八月癸丑日，皇帝侍奉皇太后驾临喀拉沁端静公主府第，赏赐公主金币，也赏赐了她的额驸噶尔臧。甲子日，皇太后在发库山遥祭父母。己巳日，皇帝赏赐端敏公主及其额驸达尔汉亲王班第金币。与此同时，湖南山贼黄明进犯靖州，陈丹书进犯茶陵州，朝廷派遣官兵前往，成功将其平定。
九月壬申日，皇帝抵达克尔苏，亲临科尔沁已故亲王满珠习礼的墓前洒酒祭奠，满珠习礼是孝庄皇后的父亲。癸巳日，皇帝驻跸扎星阿，赏赐黑龙江将军萨布素等人金币、冠服。庚子日，朝廷下令暂停盛京、乌拉当年的死刑执行。
冬十月癸卯日，皇帝外出围猎，亲自射杀两只老虎，其中一只老虎，是隔着山涧射中，箭矢穿透其肋部。丁未日，皇帝再次围猎，用枪击毙两只熊，当天，皇帝驻跸辉发。己酉日，朝廷裁撤云南永宁府，设置永北府。癸巳日，皇帝驻跸兴京。甲寅日，皇帝拜谒永陵，派遣官员前往祭奠武功郡王礼敦之墓。朝廷对贵州水西土司进行改制，设置大定、平远、黔西三个由流官治理的行政区。丁巳日，皇帝拜谒福陵、昭陵，并亲临武勋王扬古利、直义公费英东、弘毅公额亦都之墓祭奠。皇帝下令免除奉天当年的米豆赋税。壬戌日，皇帝侍奉皇太后启程返回。
十一月癸未日，皇帝侍奉皇太后回到宫中。丙戌日，皇帝下诏：“朕此次巡视所经过的敖汉、奈曼、阿禄科尔沁、扎鲁特等蒙古部落，水草丰美，但百姓生计艰难，原因在于牲畜常被盗贼偷走，致使他们不敢在夜间放牧。朕已派遣郎中李学圣等人前往处理，如今盗窃现象有所减少。其他蒙古地区也应仿照此例，派遣官员前去。若有旗员自愿前往蒙古教导当地百姓，准许其前往。涉及命案、盗窃案等各类案件，一同参与判决。”庚寅日，朝廷任命张鹏翮为江南江西总督。
十二月辛丑朔日，皇帝命令徐廷玺协助办理河务，同时派遣尚书马齐，侍郎喻成龙、常绶前往视察河工。庚戌日，皇帝谕令宗人府：“对于那些闲散宗室中，有才能、精于骑射，以及生活贫困无以为继的人，要详细查明并上报。”皇帝还下诏，规定官民妻女若因事受到牵连，不得随意拘押审讯，并将此定为法令。朝廷将四川东川土司辖地改为东川府，设置知府及以下官员。戊午日，皇帝下诏，命八旗查访孝子节妇。己未日，朝廷任命巴锡为云南贵州总督，马自德为京口将军。己巳日，皇帝在太庙举行合祭大典。
这一年，朝廷免除直隶、江南、福建、浙江、湖广等省三十五个州县因受灾应缴纳的赋税，数额各有不同。朝鲜前来进贡。
清康熙三十八年（公元1699年）春正月辛卯日，皇帝下诏：“朕即将南巡，视察黄河治理工程，沿途一切供应所需，均从京城筹备。提前告诫各地官吏，切勿给百姓增添负担。”
二月壬寅日，詹事尹泰因不称职被解除职务。癸卯日，皇帝侍奉皇太后开始南巡之旅。戊申日，皇帝因天津总兵潘育龙训练军队颇有成效，赏赐他御赐貂裘。
三月庚午日，皇帝抵达清口，侍奉皇太后渡过黄河。辛未日，皇帝乘坐小船，亲临视察高家堰、归仁堤、烂泥浅等水利工程。朝廷截留十万石漕粮，发放至高邮、宝应等十二个州县，用于平抑粮价。壬申日，皇帝巡视黄河堤坝。丙子日，皇帝车驾驻跸扬州，告诫随从兵士不要践踏麦田。壬午日，皇帝下诏，免除山东、河南拖欠的赋税，并特赦死罪以下的犯人。癸未日，皇帝车驾抵达苏州。辛卯日，皇帝车驾驻跸杭州。丙申日，皇帝举行阅兵仪式，并观看将士射箭比赛。戊戌日，皇帝侍奉皇太后开始返程。
夏四月庚子朔日，皇帝一行返回苏州。皇帝下诏，免除盐课、关税中增加的银两，并特别增加江浙两省的科举录取名额。乙巳日，朝廷任命丹岱为杭州将军。己酉日，皇帝车驾抵达江宁，并在此阅兵。庚申日，皇帝车驾抵达扬州。辛酉日，朝廷任命彭鹏为广西巡抚。丙寅日，皇帝渡过黄河，乘坐小船视察新筑的堤坝。
五月辛未日，皇帝抵达仲家闸，亲笔书写“圣门之哲”匾额，悬挂在先贤子路祠中。乙酉日，皇帝侍奉皇太后回到宫中。丁亥日，朝廷任命马尔汉为左都御史，王鸿绪为工部尚书。
六月戊戌朔日，朝廷起用郭琇为湖广总督，任命镇国公英奇为蒙古都统。
秋七月甲申日，黄河在淮、扬地区决口。
闰七月戊戌日，敏妃张佳氏去世。诚郡王胤祉是她所生，因在她去世后不满百日便剃发，被降为贝勒。癸丑日，此前，苗贼黄明多次被奏报抓获或死亡，但仍不断犯事。直至此时，朝廷派遣官员彻查审讯，将黄明及其同伙陈丹书、吴思先等三十余人处死。对于那些奏报不实的督抚麻勒吉等人，分别给予降职、罢黜等处分。皇帝前往塞外巡视。
九月丙午日，皇帝返回京城。丙辰日，皇帝亲临经筵讲学。朝廷改任扬岱为满洲都统，鲁伯赫、拖伦、崇古礼均为蒙古都统。戊午日，大学士阿兰泰去世，皇帝深感惋惜，派遣皇长子胤禔前去探视病情，并赏赐祭奠、增加祭礼，赐谥号“文清”。
冬十月癸酉日，皇帝巡视永定河工程。庚辰日，皇帝返回宫中。大学士李天馥去世，朝廷给予祭葬，赐谥号“文定”。
十一月乙巳日，皇帝拜谒皇陵。壬辰日，朝廷任命马齐、佛伦、熊赐履、张英为大学士，陈廷敬为吏部尚书，李振裕为户部尚书，杜臻为礼部尚书，马尔汉、范承勋为兵部尚书，王士禛为刑部尚书。壬寅日，皇帝命令满、汉给事中各四名轮流侍班。丙午日，皇帝下令宝源局收购废旧铜钱。
十二月戊辰日，皇帝返回京城。癸巳日，皇帝在太庙举行合祭大典。
这一年，朝廷免除直隶、江南、江西、浙江、福建、陕西、湖广等省七十三个州县因受灾应缴纳的赋税，数额各有不同。朝鲜、琉球前来进贡。
清康熙三十九年（公元1700年）春正月己未日，朝鲜国王李焞因清朝遣返本国难民，进献地方特产表达谢意，康熙皇帝将特产退还。癸亥日，皇帝前往视察永定河治理工程。
二月甲戌日，皇帝乘船巡视郎城、柳岔等地水道，因水浅换乘小艇继续前行，在途中亲自指示河道修建策略。壬午日，皇帝返回京城。己丑日，皇帝命内大臣费扬古、伊桑阿对宗室子弟的骑射能力进行考核。
三月甲午日，皇帝亲临经筵讲学。吏部奏报安徽巡抚李鈵被弹劾一案，提议将案件交由将军、提督查办。皇帝指出：“将军、提督不负责民政事务，吏部的提议不合理。”对吏部予以严厉斥责，尚书库勒纳不久后被免职。癸卯日，朝廷改任张鹏翮为河道总督。张鹏翮请求裁撤协理官员及效力人员，并希望朝廷放宽相关法规，以便更好地完成治河任务，朝廷批准了他的请求。甲寅日，朝廷任命宗室特克新为蒙古都统。丙辰日，皇帝赐汪绎等三百零一人不同等级的进士及第、出身。四川巡抚于养志与提督岳升龙相互弹劾，朝廷派遣官员调查审讯，二人皆被革职。
夏四月庚辰日，皇帝再次视察永定河，命令八旗兵丁协助开河，并让直郡王胤禔统领，僖郡王岳希等五人一同前往。壬午日，皇帝视察子牙河。壬辰日，皇帝返回京城。
五月丁未日，朝廷任命阿山为江南江西总督。甲寅日，朝廷任命阿灵阿为蒙古都统。
六月癸亥日，张鹏翮奏报疏浚海口工程完工，河道畅通，于是将拦黄坝改名为大通口，并修建海神庙。杜臻被免职，朝廷任命王泽弘为礼部尚书，李柟为左都御史。丁亥日，朝廷暂停宗室子弟参加科举考试。
秋七月甲午日，理藩院审议喇嘛商南多尔济奏报的策旺阿拉布坦派兵前往青海一事，认为无需处理。皇帝说：“此事目前看似微不足道，但将来影响重大。理藩院打算不予处理，倘若青海方面询问商南多尔济，该如何答复？策旺阿拉布坦为人狡诈，向来行事奸恶，周边部落都与他有仇。他声称要征讨第巴，路途遥远且充满险阻，也有可能是虚张声势来恐吓青海，这都说不定。关键是要让他不敢挑起事端。”乙巳日，朝廷规定翰林官中的编修、检讨、庶吉士每月发放三两白银，学道出缺时，按照任职资历依次派出。壬子日，原振武将军孙思克去世，皇帝命皇长子胤禔前往奠酒，并赏赐两匹鞍马、一千两白银，赐谥号“襄武”。丁巳日，皇帝前往塞外巡视，同时命李光地、张鹏翮、郭琇、彭鹏详细商议科举考试相关事宜。
八月辛未日，皇帝驻扎在齐老图。
九月癸巳日，朝廷停止当年的秋季处决。皇帝下诏，命张鹏翮专门负责河工事务，将范成勋等九人召回。给事中穆和伦奏请禁止奢侈的服饰穿戴，内阁大臣票拟进行斥责。皇帝说：“言官负责监督进谏，若因言论而治罪，今后谁还敢说话？不过他说奢侈之风始于康熙十年之后并不对，那其实是辅政大臣时期的事，如今已有所收敛。”
冬十月辛酉日，皇太后六十大寿，皇帝撰写《万寿无疆赋》，亲自书写在围屏上作为贺礼进献。癸酉日，皇帝巡视永定河。戊寅日，皇帝返回京城。己卯日，皇帝下令，将本年经行取却尚未补缺的科道官员，任命为额外御史，跟随班次参与议事。
十一月庚寅日，皇帝命令青海的鄂尔布图哈滩巴图尔迁移至宁夏驻扎。皇帝下诏，命侍郎温达巡查陕西、甘肃的驿站。王泽弘被免职，朝廷任命韩菼为礼部尚书。皇帝下令，大臣及重要官员子弟参加科举考试时，单独编为官号，并限制录取名额。辛亥日，皇帝前往边外巡视，同时命令政绩优异的官员按照行取的惯例，由皇帝亲自召见。戊午日，四川打箭炉的土著蛮族发动叛乱，朝廷派遣侍郎满丕偕同提督唐希顺率军前往征讨。
十二月己未朔日，皇帝驻扎在暖泉，赏赐外藩王公以下至普通官兵白银。戊辰日，皇帝返回京城。癸酉日，朝廷调任萧永藻为广西巡抚，彭鹏为广东巡抚。壬午日，已故安亲王岳乐因之前在审理贝勒诺尼一案时误判，被追降为郡王，其子僖郡王岳希、贝子吴尔占均降为镇国公。丁亥日，皇帝在太庙举行合祭大典。
这一年，朝廷免除直隶、江南、安徽、陕西、浙江等省五十七个州县因受灾应缴纳的赋税，数额各有不同。朝鲜前来进贡。